黑客帝国动画版紧接着《重装上阵》于2003年6月发行。沃卓斯基兄弟与来自日本的动画师合作，创作了九个基于黑客帝国世界观的动画短片：

冥王号的最后一次飞行（Final Flight of the Osiris）
二次文艺复兴：第一部分（The Second Renaissance Part I）
二次文艺复兴：第二部分（The Second Renaissance Part II）
少年的故事（Kid’s Story）
虚拟程序（Program）
世界纪录（World Record）
超越极限（Beyond）
侦探故事（A Detective Story）
矩阵化（Matriculated）

沃卓斯基只是动画版的监督，其中四个短片由他们担任编剧：冥王号的第一次飞行、二次文艺复兴第一和第二部分、少年的故事；其他五个短片的故事则是动画版的导演所创作的。

[ 收录了电影三部曲、电影评论音轨、黑客帝国动画版与各种制作花絮的《黑客帝国》终极收藏版套装（The Ultimate Matrix Collection）]