黑客帝国动画版紧接着《重装上阵》于2003年6月发行。沃卓斯基兄弟与来自日本的动画师合作,创作了九个基于黑客帝国世界观的动画短片:
冥王号的最后一次飞行(Final Flight of the Osiris)
二次文艺复兴:第一部分(The Second Renaissance Part I)
二次文艺复兴:第二部分(The Second Renaissance Part II)
少年的故事(Kid’s Story)
虚拟程序(Program)
世界纪录(World Record)
超越极限(Beyond)
侦探故事(A Detective Story)
矩阵化(Matriculated)
沃卓斯基只是动画版的监督,其中四个短片由他们担任编剧:冥王号的第一次飞行、二次文艺复兴第一和第二部分、少年的故事;其他五个短片的故事则是动画版的导演所创作的。
[ 收录了电影三部曲、电影评论音轨、黑客帝国动画版与各种制作花絮的《黑客帝国》终极收藏版套装(The Ultimate Matrix Collection)]