Enter The Matrix是由Shiny Entertainment开发的基于PC、PS2、Xbox和NGC平台的第三人称动作/射击类游戏，于2003年5月15日发售。游戏的剧情很丰富，围绕着Logos号飞船的三位成员Niobe、Ghost和Sparks展开，故事时间线大体上与第二部电影The Matrix: Reloaded是同时进行的。电影剧组在拍摄第二第三部的同时还专门拍摄了为游戏准备的过场影片，电影终极收藏DVD套装花絮碟中便有一个专门讲述游戏制作的短片。

游戏开头接黑客帝国动画短篇《冥王号的最后一次飞行》（ Final Flight of the Osiris）的事件，Logos号船员得知了Osiris号被毁的消息后接入Matrix，到邮局获取Osiris号船员最后留下的重要情报。游戏有两位可操作角色：Logos号的船长Niobe，以及大副Ghost。玩家可以选择其中一位进行游戏（即选择Niobe线或Ghost线）。两条线路大部分剧情基本一致，只是在角色的任务分配上有差别——如在Niobe线中，去邮局取情报的是Niobe，Ghost负责在外接应；而在Ghost线中，取情报的是Ghost，Niobe负责接应。两条线路在少部分剧情中会有较大差别，如在Zion休息的部分；与先知会面时，先知面对两位主角也会分别告知不同的信息。

这款游戏在国内有过引进，现在应该已经绝版。在网上能够搜到这款游戏中文版的下载资源，但很多都是砍掉了过场影片和配音的不完整版。这里提供一个完整版游戏下载地址（含繁中版翻译）：https://pan.baidu.com/s/1B0JVx5iC-DNg2CW5XUee6g

不想打游戏但又对游戏剧情感兴趣的，可以看国外网友整理的游戏全对话文本：http://www.kalime.com/etm/index.html

B站上也有人搬运过游戏的流程视频——Niobe线&Ghost线全流程视频（英文字幕）：https://www.bilibili.com/video/BV1a4411d7Ct
Niobe线全过场影片剪辑（英文字幕）：https://www.bilibili.com/video/BV1Sx411r7Ta

游戏Niobe线一共有十二大关卡，Ghost线比Niobe线多出一段打斗。通关后会开放一个秘密关卡。以下是对这十几个关卡剧情的简单概括（剧透注意）：

Logos号船员获取到情报后的逃亡（The Post Office、City Driving、City Rooftops）
Zion在接收到这份情报后的应对（过场影片）
营救Vigilant号的一位船员（The Airport）
电影第二部舰长会议后各舰长遭到埋伏的事（The Sewers）
Niobe和Ghost在法国人城堡的遭遇（The Chateau、Under The City）
各飞船回到Zion后的休息（过场影片，Ghost线会有一段打斗关卡）
电影的高速公路追车剧情，Logos号船员如何追上Morpheus的事（The Freeway）
电影里三艘飞船合力让Neo进入Source的事件中，Niobe和Ghost炸发电站的过程（The Power Plant）
Neo回到Source后，Logos号突然收到来自先知的讯息（Chinatown）
与先知会面结束后，主角遇到了意想不到的敌人（Chinatown、The Skyscraper）
Logos号遭哨兵追击时的逃亡过程（On Board The Logos）