2.1节a：Choice and Consequence（选择与因果）

Novalis II号是战后Zion的第一艘飞船，而其中最年轻的船员Neurophyte某次在Matrix中执行任务时头脑和身体的监控信号突然同时消失。无论是在真实世界还是在Matrix中，Zion的人都找不到她的意识所在。

与此同时，曾经袭击过Morpheus的神秘面具匪徒开始出现在城市各处攻击红药丸，他们似乎有三处隐藏基地，而这三处隐藏基地后来都被Zion的人发现并摧毁。愤怒之下，他们开始攻击全部三个阵营的人。他们不仅在Matrix世界里搞事，甚至还在真实世界里攻击其他人类，并带走了上百人的性命。

根据留在Matrix中的蛛丝马迹，人们终于在Kalt化工大楼的楼顶找到了失踪的Neurophyte。然而红眼特工却出现在了这栋大楼中，红药丸们很努力地与之战斗，可他们的力量却不足以将红眼特工击退。这时Neurophyte却突然使出了一种奇怪的黄色能量波，被能量波打到的存在会被完全毁灭，最终变成一道杂乱的绿色代码。红药丸们虽然赢下了这次战斗，但Neurophyte却因过度使用自己的力量而衰弱了下去。被营救后的她出现了短暂的记忆缺失，不得不马上将意识传回真实世界。

经检查后发现，Neurophyte是被一种杀戮代码（kill code virus）所感染了。她脑中的杀戮代码拥有强大的力量，但如果将这份代码完整地提取出来，Neurophyte就会丧命；如果是以令她活下来为目的去摘除她脑中的代码，那么Zion就会失去一样强力的武器。

在不同的服务器上，Neurophyte会有以下四种不同的结局：被Zion救治并完全恢复健康；被Zion救治，却在摘除代码的过程中死去；被机器所救治，之后因此加入亲机器派；机器治疗了她，之后却为了提取杀戮代码牺牲了她的性命。^[1]后来MXO的服务器由九个合并成了三个，这部分情节的连续性就受到了影响。根据The Matrix … Continue reading

2.1节b：Double Cross（欺瞒与背叛）

此时Matrix里的情况变得十分混乱：红眼特工依然在游荡着寻找所谓的“潜在携带者”，暗杀者时不时会现身攻击红药丸，而Morpheus曾经使用过的特殊编程炸弹开始重新出现在Mega City几个主要的公共场所中。安放炸弹的是一个自称“Maerd”的男人。诡异的是，这个人不仅在外表上，连理念和演讲风格都和已经故去的Morpheus极其相似。当别人询问他的身份时，他只是简单地回答“你知道我是谁”。随着这个神秘男人的出现，暗杀者也选择现身向周围的人追问Maerd的行踪。

有传言说那些带着面具的匪徒自称“Cypher信徒”（Cypherites），和曾经的Cypher^[2]Cypher即电影第一部里那个不顾一切想要回到Matrix中，并为此将Morpheus和尼布甲尼撒号的船员出卖给特工的叛徒 。一样在觉醒后不愿意面对残酷的真实世界，而想要重新回到Matrix中沉睡。他们在两位名为Gemaskeerd和Enmascarado的成员带领下四处搞事。

与此同时，Niobe闯入了法国人夫妇所在的旅馆房间。在Niobe的威胁下，Merovingian和Persephone告诉了她关于暗杀者的重要信息：暗杀者自身是由成千上万只苍蝇所组成的，通常藏身于下水道和垃圾场中。在Ghost^[3]Ghost是Logos号的船员，在电影第二第三部中有少量戏份。同时他也是黑客帝国官方游戏Enter The … Continue reading的支援下，Niobe等人安全脱离了Merovingian所在的旅馆。

为了打败暗杀者，Zion开始试图研究出有效的杀虫代码。尽管存在着重重阻挠，Zion的科学家们最终还是编写出了能够杀死组成暗杀者的昆虫的杀虫剂。

然而就在这时，飞船Novalis II号上发生了一起谋杀：船员Vashuo在Matrix中执行任务时突然被某个偷偷安装在他接入座椅中的信号干扰设备所杀害。剩下的所有船员被召回Zion接受审讯，而根据被拦截的“Cypher信徒”之间的通讯记录来看，船上隐藏着的叛徒很可能是团体中的高级领袖。

叛徒最终被揪了出来：一位叫Toorima的船员暗中一直以“Veil”为代号指引着Cypher信徒的行动，而当Vashuo快要调查出她的真实身份时，她便杀死了对方。在Veil被Zion关押期间，她的部下Enmascarado开始在Matrix中搞事：他和以Niobe为首的Zion方打了起来，战斗过程中被他引爆的炸弹又把附近的暗杀者炸了出来，这场战斗很快演变成Enmascarado、暗杀者和其他人类的三方混战。混战中Enmascarado被暗杀者所杀，死亡后他在Matrix中的身体（RSI）居然还释放出一种火焰病毒感染了在场所有人。而暗杀者则趁乱消失在了人群中。

除此之外，Matrix里还出现了一条令人在意的线索：在一处流亡程序的根据地中，有人发现了一张剪报，上面报道了这样一则新闻：一位名为Sarah Edmontons的病人出人意料地从昏迷中苏醒，之后便自己一声不响地走出了医院。而Sarah Edmontons正好是Thomas Anderson的字母重组……^[4]Thomas Anderson是Neo觉醒前的名字，这个大家应该都知道。然而由于游戏编剧团队的变动，Sarah … Continue reading

2.2节：Rise of the Cypherites（赛弗信徒兴起）

Enmascarado搞出来的火焰病毒很快就消停了，而Cypher信徒们也逐渐消停了下来。Zion再次把对付的重心放回暗杀者身上。为了做出能够有效地将杀虫剂喷射出去的武器，Zion和机器方一起合作开发出了一种杀虫剂喷枪。

在合作期间，Ghost被另外派遣去请机器帮忙解密一份在Merovingian的某个根据地中发现的数据盘。他们发现数据盘中有一份被标记为“Ω行动”（Operation Omega）的名单，名单上的都是机器方和Zion的重要人物，而排在名单首位的正是Morpheus。顺带一提，Niobe和Ghost也在名单上。

机器方的成员在执行例行的侦查任务时发现了更多关于“Ω行动”的信息：暗杀者所使用的杀戮代码是由一位名为Fillament的流亡程序编写出来的，有趣的是Fillament当时的雇主正是Merovingian。每一颗带有杀戮代码的子弹都是为某个特定的目标准备的，而那些代码只有暗杀者能够使用。事情已经很清楚了：“Ω行动”是Merovingian给出的暗杀名单，名单上列出了他想要抹消的敌人。

似乎Merovingian在有意阻挠对暗杀者的追捕，城市各处的喷枪生产中心都遭到了来自流亡程序的破坏。就在此时Zion却突然收到了来自法国人妻子Persephone的讯息：她表示自己憎恨暗杀者，因此愿意为Zion提供帮助。

在Persephone的帮助下，Zion终于找到了暗杀者的藏身之处——一艘垃圾清理船上。一位红药丸被派遣去测试杀虫剂喷枪的威力。喷枪大大削弱了暗杀者的力量，然而那位红药丸还没来得及给暗杀者最后一击，暗杀者便通过电话线逃走并再次躲藏了起来。

2.3节：Death of the Destroyer（毁灭者之死）

一位被称为“将军”（The General）的程序带着他的突击队乘着直升机出现在Matrix上空，表示愿意和各大势力友好共处。他先是和Merovingian达成了某种互不干涉协议，然后又和Zion进行谈判。他和手下的突击队员们表明自己曾经是机器世界的军队管理程序，因想要逃离来自机器世界的压迫而流亡到了Matrix。他们希望Matrix能够成为一个收留所有具有自主意识的存在的避难所，因此愿意帮助Zion消灭已经威胁到Matrix安全的暗杀者。Zion同意了将军的提议。

在将军分别与Merovingian和Zion谈判的过程中发生了一些不愉快的插曲，比如Zion派Anome去监听将军和Merovingian的谈判，然而监听由于Anome对防护系统过度的自负而败露，而接下来Anome对流亡程序无谋的进攻又差一点将事情闹大，最后Zion的Lock指挥官及其联络员Tyndall亲自出面才得以将事件平息下来；再比如Zion和将军谈判时，Merovingian又派了流亡程序来捣乱等等，在此不多作赘述。之所以特别提到Anome这个人物，是因为这位老兄特别能坏事，后面还有不少他的戏份。

之后，人们惊恐地发现大都市的天空已经被成群的苍蝇所覆盖。腐败物再次涌现在城市内、攻击遇到的每一个人。暗杀者自己则分裂成了力量更小的几份拷贝，在城市各处搞破坏。由于暗杀者已经威胁到了自己，Merovingian不再庇护他，甚至还向人类提供了一些喷枪。

装备有杀虫剂喷枪的红药丸们努力消灭了大部分的暗杀者拷贝。Niobe则在暗杀者曾经藏身的驳船上找到了最后一份拷贝，而后一位及时赶到的红药丸用喷枪消灭了最后一部分的暗杀者。

杀死Morpheus的凶手最终被彻底消灭。随着暗杀者留下的腐败物被清除，大都市的天空也恢复了原来的模样，来自各个阵营的人们终于得以享受片刻的宁静。

TO BE CONTINUED…