华纳和SEGA曾经在2005发行过黑客帝国官方网游The Matrix Online（简称MxO），游戏的背景设定在黑客帝国电影第三部结尾、人类和机器达成停战协议后，玩家可以在游戏中探索后续的故事。可惜这个网游并没能运营太久，在2009年的夏天就关服了，现在的黑客帝国影迷已经无法亲自去探索其中的故事。
2004年终极套装“锡安档案馆”中有一段游戏的前瞻视频，中文字幕版已经上传到B站：【旧视频翻译】黑客帝国游戏The Matrix Online预告。
尽管现在游戏早已关服，黑客帝国系列的爱好者们仍可以通过其他途径获知游戏的剧情：
- 在关服前，网游的官网曾放出过一份官方的游戏故事线整理： Matrix Online MxO Official Memorybook/Storybook（需科学上网）；
- The Matrix Wiki的The Matrix Online条目也有对游戏的剧情的简单概括；
- 有玩家建立专门记录游戏资料的网站MxO Archive；
- 也有玩家整理了一份五百多页的PDF文件The Matrix Online Archives（需科学上网），内容包括了游戏的地图设定以及每一章具体发生的剧情；
- 一位叫VesuveusMxO的用户则专门在Youtube和Instagram上注册帐号连载与Matrix Online有关的内容。
（如果有人对游戏开发和关服的来龙去脉感兴趣的话，Youtube上有个叫 “Death of a Game: Matrix Online”的视频可以一看。）
不仅有玩家费心整理和游戏相关的一切信息，他们当中甚至还有人试图还原出一个可操作可游玩的MxO。一位叫Rajko的玩家几乎是孤军奋战、花费数年的时间试图还原这款网游。他也确实做出了一个能够操作的版本，这个版本可以在他专门建立的网站上下载到：The Matrix Online Server Emulator 。同时，他也在这个网站上以他自己的角度讲述了游戏的剧情：The Matrix Online Story。
（还有一篇报道专门讲述了关于这个试图还原游戏的玩家的故事： The Death and Rebirth of ‘The Matrix Online’ ）
除了这名玩家，另外还有两名玩家试图还原MxO游戏。期间他们曾经和Rajko联系并合作过一段时间，后来又分开另外发布了自己的测试版本：Hardline Dreams。
我个人现在也在试图通过综合各种二手资料来整理MxO的剧情线，然而由于精力有限，目前只整理到游戏第二章：